Основною загальною проблемою майже всіх ОСК області залишається наднормативне забруднення стічних вод, що скидаються у поверхневі водойми, азотом амонійним.

Залишається незадовільною ситуація, що склалась у ряді населених пунктів області внаслідок дисбалансу між потужностями водогонів та каналізацій. Це, насамперед, мм. Вінниця, Козятин, Ладижин, Немирів, смт. Муровані Курилівці, смт. Томашпіль.

Цілий ряд райцентрів області до цього часу взагалі не має власних очисних споруд каналізації (м. Немирів, смт. Літин, Оратів, Піщанка, Погребище, Теплик, Чернівці, Чечельник).

Внаслідок невиконання підприємствами водоохоронних заходів в поверхневі водойми області надійшло майже 8 тис.м3 неочищених стоків.

Під час стихійного лиха (льодоламу) в кінці 2000 р. через тривале знеструмлення на ряді очисних споруд каналізації загинув активний мул, відновлення біологічного очищення стоків вимагало певних кліматичних умов. Повне усунення впливу стихійного лиха на водні ресурси області відбулося тільки в липні-серпні (початок літа був незвичайно холодним), в поверхневі водойми області надійшло понад 710 тис.м3 зворотних вод недостатнього ступеня очищення.